巨塔塔尖的图腾花在晨露中绽放时，林夏突然感到掌心的黑色种子残片发烫。那是昨夜从基因库坠落的碎片，此刻正渗出焦油状的液体，滴在苔藓地面上烧出深褐色的孔洞。张叔举着便携式基因检测仪跑来，屏幕上的污染指数正以指数级飙升：“反共生病毒在变异！它能分解植物基因链！”
树屋学堂的孩子们惊恐地指着远处，只见荧光森林边缘的变异树正在枯萎，树皮剥落露出如同焦炭的木质部。一只衔着共生种子的变异鸟突然从空中坠落，翅膀上的蕨类植物化为黑色粉末。林建国抓起猎枪，却发现枪管接触到污染区的空气时，金属表面泛起绿色锈迹。
“必须找到病毒源头！”林夏将黑色碎片装入防化罐，碎片在罐内疯狂撞击，发出指甲刮玻璃的声响。巨塔的根系突然剧烈震动，塔心投射出林小棠的全息影像：“病毒来自旧世界的生物武器库...在海底金字塔。”影像消失前，她的指尖指向渤海湾深处的坐标。
潜水舱在浑浊的海水中下潜，舷窗外闪过被污染的珊瑚礁，白化的珊瑚虫尸体上覆盖着黑色菌丝。林建国的脚踝根系纹路发出警告般的红光，他突然按住胸口：“这里...有大量人类骸骨。”潜艇声呐显示，海底金字塔的石门后堆积着数万具骷髅，他们的肋骨上都刻着相同的蛇形图腾。
“是研究所的第一批实验体。”张叔放大影像，看见骷髅手中紧握着生锈的注射器，“军方当年在这里进行基因融合实验，失败的样本就埋在金字塔里。”话音未落，潜水舱突然被一股巨大的力量抓住，舷窗玻璃上浮现出无数黑色触手。
“是病毒聚合体！”林夏启动高压水枪，却见黑色触手分裂成更小的个体，顺着排水孔钻进舱内。林建国抄起消防斧劈砍，斧刃接触到病毒的瞬间就被腐蚀成废铁。张叔突然打开应急物资箱，里面跳出一群巴掌大的荧光甲虫：“这是小棠培育的基因修复虫！”
甲虫群扑向黑色病毒，翅膀扇动时撒出绿色粉末。病毒发出刺耳的尖叫，触手缩回石门缝隙。林夏趁机将防化罐塞进石门锁孔，黑色碎片与门内的病毒核心产生共振，整个金字塔开始崩塌。他们刚逃回潜水舱，就看见金字塔顶端裂开，一枚巨大的黑色种子冲天而起，表面刻满反共生图腾。
“不好！病毒要扩散到大气层！”张叔启动潜水舱最大马力，却见黑色种子在空中爆炸，无数病毒孢子如乌云般飘向陆地。林夏看着舷窗外的荧光森林在孢子覆盖下迅速枯萎，突然想起巨塔影像里的地下种子银行：“爸，我们还有最后机会！”
地下种子银行位于巨塔根系最深处，由林小棠的图腾能量守护。当三人冲进银行时，看见中央的水晶棺里躺着一枚发光的种子，周围环绕着旧世界所有植物的基因样本。林建国的脚踝根系突然与地面图腾连接，整个银行开始下沉，通向更深的地核岩浆层。
“这是...最后的防火墙。”张叔指着水晶棺旁的石碑，上面用古埃及文字刻着：当世界被黑暗笼罩，将希望种子沉入地心，待火山喷发时重获新生。林夏抚摸着水晶棺，种子表面浮现出林小棠的笑脸，突然抬头道：“我们不能全死在这里，必须有人把共生种子带出去。”
火山通道开始喷发，岩浆溅在银行穹顶上发出滋滋声响。林建国将水晶棺推入岩浆导流槽，转身抱住林夏：“你和张叔走，我来启动自爆程序。”他的脚踝根系猛地扎进地面，整个银行的图腾能量汇聚到他身上，蛇瞳消失的疤痕处重新亮起竖纹——为了启动最终防御，他选择重新激活变异基因。
“爸！不要！”林夏被张叔拖进逃生管道，看见父亲的身体在能量冲击下逐渐透明，他的手掌按在自爆按钮上，蛇瞳里闪烁着人类的温柔与变异体的决绝。“活下去...像种子一样...”他的声音被岩浆的轰鸣吞没，下一秒，地下种子银行在岩浆中化为璀璨的绿色流星。
逃生管道浮出海面时，天空的黑色孢子正被绿色流星的光芒净化。林夏抱着水晶棺站在礁石上，看见巨塔的根系重新焕发生机，塔尖的图腾花吸收了流星能量，开出了能抵御病毒的金色花瓣。张叔指着远方，只见荧光森林中，幸存的孩子们正在收集新落下的共生种子，他们的指尖都开出了抵抗病毒的小黄花。
水晶棺在林夏怀中自动打开，发光的种子跳进她的掌心，种子表面刻着新的图腾——一半是父亲的猎枪，一半是林小棠的蛇信，中间缠绕着新生的植物嫩芽。而此刻，在更深的地下，林建国的能量化作了守护种子的地核之火，他的蛇瞳虽然再次消失，但那份为了守护而甘愿变异的勇气，却成为了共生纪元里最坚固的防火墙。
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